但早有准备的智利陆军2.7万人，在此修筑了堑壕工事，在接下来的一个月中，死死挡住了埃尔南德斯的部队。
独立联盟的陆军虽然没有彻底动员完毕，但海军却有巨大优势。
战争爆发时，智利海军试图一举摧毁缺乏防御设施的卡亚俄港，好让港内的秘鲁舰队失去修理基地。
但这一计划，被英格兰、西班牙混血，并参加过反抗西班牙入侵钦查群岛战争的智利海军总司令胡安·威廉姆斯拒绝了。
58岁的威廉姆斯上将坚持认为，虽然摧毁秘鲁海军，夺取制海权是必不可少的一个阶段，
但智利海军应当首先对秘鲁的南部港口，如伊基克等进行封锁以截断其硝酸盐出口。
好彻底断绝秘鲁政府的最大财源，同时也切断秘鲁从海外获得军火的途径。
而后再发起登陆作战，配合陆军占领玻利维亚和秘鲁的领土。
于是，在埃尔南德斯率领秘鲁陆军刚刚越过智利国境线后，
智利海军在威廉姆斯的指挥下，封锁了伊基克港。
瓦尼洛斯、莫连多、皮卡和皮萨瓜等港口则遭到了炮击，港口设施大半被摧毁。
威廉姆斯希望借助对贸易途径的破坏以削弱秘、玻联军的作战能力，但封锁的效率仍然不够高。
虽然弱小，但顽强的秘鲁海军从未打算过屈服。
秘鲁海军总司令米格尔·格劳带领唯一一艘6750吨的铁甲舰“瓦斯卡号”，和1艘3250吨的老旧军舰，
趁着智利海军无法彻底封锁沿海港口的机会，立马突入深海消失不见了。
秘鲁的两艘战舰进行了一系列反封锁行动，多次深入智利海域进行骚扰性奇袭。
这些行动旨在打破智利海军的封锁，在避免与对手正面交战的情况下迫使敌方舰队撤回智利。
一旦该计划得以实现，智利对玻利维亚和秘鲁的陆上战争将被延迟，
自由联盟将获得，沿内陆海岸线补给并加强对陆军的部署，武器也可以从海外源源不断地运进秘鲁。
威廉姆斯也意识到，凭借自己手中的力量，完全无法锁死秘鲁对外的所有联系。
他迅速调整部署，开始分出一些老旧战舰回防智利沿海。
于是，“双盟之战”的第一次海战——奇帕纳海战，于昭武十年1908年3月16日在瓦尼洛斯港外爆发。
秘鲁的铁甲护卫舰“联合号”和炮舰“皮科马约号”发现了正在开往伊基克港的智利护卫舰“马加拉内斯号”，于是主动出击。
在经过两小时的追赶炮击后，“联合号”的锅炉发生了故障，被迫中止作战，受伤的“马加拉内斯号”才得以迅速逃脱。
逃脱的“马加拉内斯号”途中遇到了智利海军大部队，并立即掉转船头，带着舰队杀了个回马枪。
但“马加拉内斯号”运气不好，刚返回战场就被“联合号”击沉。
而秘鲁的两艘战舰则是借着突然升起的大雾迅速逃脱。
第一次冲突以秘鲁海军的胜利而告一段落。
奇帕纳海战被智利人看作是奇耻大辱，1907年3月底，在埃拉苏里斯总统的催促下，威廉姆斯最终决定进攻卡亚俄港，彻底摧毁秘鲁舰队。
4月16日，智利海军的主力舰队开始向卡亚俄港进发。
然而，令威廉姆斯万万没有想到的是，就在智利舰队驶向卡亚俄港的同一时刻，
秘鲁海军的两艘主力舰，由格劳指挥的“瓦斯卡号”和瓜勒尔莫舰长指挥的“独立号”已经驶出卡亚俄，向南前往阿里卡港运输援军、武器弹药和食品补给。
4月19日清晨6点30分，驶入伊基克正注备发动袭击的智利战舰“科瓦东加号”上的瞭望哨兵高喊道：
“北方发现两道烟柱！”
但因为舰队被晨雾和浓烟所笼罩，智利人无法辨认出舰船的型号。
当时，他们判断那是正准备返回的智利友军舰船。
到了6点45分，孔德尔舰长身旁的一名水手接过望远镜，经过一段时间的辨认，他看出了前方那两艘战舰的细节，立即对孔德尔说：
“那是秘鲁的瓦斯卡号和独立号！”
孔德尔大惊，立马询问：
“你能确定吗？”
水手回答：
“错不了，只有瓦斯卡号的桅杆是那种型号。”
孔德尔随即下令对空鸣炮，通知仍在锚泊的“艾斯美拉达号”敌舰将至......
随着烟柱越来越近，智利水兵已经可以透过晨雾，清晰地辨认出敌舰的外形。
双方的实力差距是一目了然的，
陈旧的巡防舰“艾斯美拉达”号标准排水量1210吨，主机功率仅200马力，装有8门40磅加农炮、4门30磅炮和2门6磅炮。
木制的智利