朱元璋接到“供词”后，当即下令将蓝玉处以“剥皮实草”之刑（剥下皮肤，填充稻草示众），并夷其三族。随后，根据供词的牵连范围，展开了大规模的清洗。凡是与蓝玉有过交往的官员，无论是否参与“谋反”，几乎都被罗织罪名处死。据统计，蓝玉案中被诛杀的公侯伯爵有十三人，各级文武官员一万五千余人，“元功宿将相继尽矣”。
值得注意的是，蓝玉案的“谋反”证据存在诸多疑点。所谓的“供词”多是刑讯逼供的产物，缺乏确凿的物证；蓝玉作为久经沙场的将领，若真要谋反，绝不会选择在朱元璋眼皮底下的应天府发动，更不会让计划轻易泄露。因此，后世多认为，蓝玉案本质上是一场由朱元璋主导的政治清洗，“谋反”只是他铲除勋贵的借口。
三、血雨腥风：清洗背后的权力逻辑
蓝玉案的清洗范围之广、手段之狠，在中国历史上实属罕见。朱元璋为何要对功臣集团痛下杀手？其背后是一套复杂而冷酷的权力逻辑。
首先，是为皇太孙扫清障碍。朱元璋晚年最担心的，是朱允炆无法掌控局面。蓝玉案发生时，朱元璋已六十六岁，自知时日无多，必须在生前解决勋贵威胁。他曾对朱允炆说：“吾治乱世，刑不得不重；汝治平世，刑自当轻。”在他看来，自己扮演“暴君”的角色，用血腥手段铲除隐患，是为了让皇太孙未来能“以仁治国”。这种“父爱式的残酷”，成为蓝玉案最根本的动因。
其次，是彻底终结淮西勋贵的专权。自明朝建立以来，淮西勋贵凭借“从龙之功”，在朝堂上形成了盘根错节的势力。胡惟庸案虽打击了文官系统的淮西集团，但军事系统的勋贵势力依然强大。蓝玉案则精准打击了军事勋贵，尤其是淮西籍将领，几乎将这一集团连根拔起。此后，明朝的军事指挥权逐渐转移到非淮西籍将领与皇帝直接控制的锦衣卫、京营手中，皇权对军队的掌控大大加强。
再者，是强化皇权的绝对权威。朱元璋通过胡惟庸案废除了丞相制度，通过蓝玉案则清除了军事勋贵的威胁，使皇权摆脱了文官与武将的双重制约，达到了“乾纲独断”的顶峰。他在《逆臣录》（记录蓝玉案罪证的官方文件）中强调：“天子居至尊之位，操生杀之权”，通过血腥清洗，向天下昭示皇权的不可侵犯，任何敢于挑战皇权的势力，都将遭到毁灭性打击。
蓝玉案的处理方式，也体现了朱元璋“重典治国”的政治理念。他认为，对“谋反”等重罪必须“诛其族”，才能起到震慑作用。因此，蓝玉案不仅诛杀了涉案人员，还牵连了他们的亲属、部下甚至邻居，形成了“一人犯罪，株连九族”的恐怖氛围。这种极端的刑罚，虽然在短期内压制了反对势力，却也造成了社会的恐慌与人才的凋零。
值得一提的是，蓝玉案与胡惟庸案有着明显的承接关系。两案相隔十三年，共同构成了朱元璋晚年政治清洗的核心内容：胡惟庸案针对的是文官系统的相权，蓝玉案针对的是军事系统的勋贵权，最终目的都是为了强化皇权。通过这两场大案，朱元璋彻底改变了明初的权力结构，形成了“皇帝—六部—郡县”的垂直管理体系，使明朝成为中国历史上皇权最为集中的朝代之一。
四、历史余波：清洗后的隐患与回响
蓝玉案对明朝的影响，远超一场政治清洗的范畴，它深刻改变了明朝的政治生态与军事格局，甚至影响了王朝的命运走向。
从短期来看，蓝玉案确实巩固了朱允炆的储君地位。功勋集团被清除后，朝中再也没有能与皇权抗衡的势力，朱元璋可以安心地为皇太孙铺路。他甚至亲自编写《永鉴录》《皇明祖训》，告诫后世子孙如何防范权臣与外戚，试图为明朝的长治久安制定“万世法则”。
但从长远来看，蓝玉案留下的隐患却极为致命。首先，军事人才的断层导致明朝边防松弛。蓝玉等一批久经战阵的将领被诛杀后，明朝缺乏能独当一面的统帅，北方蒙古势力趁机重新崛起，对明朝边境构成持续威胁。其次，过度依赖皇权导致政治僵化。勋贵集团被清除后，朝堂上只剩下唯唯诺诺的文臣与皇帝亲信，缺乏不同意见的制衡，一旦皇帝能力不足（如后来的建文帝、明英宗），极易出现决策失误。
最具讽刺意味的是，朱元璋为朱允炆清除的“威胁”，最终却成了朱允炆的“软肋”。洪武三十一年（1398年），朱元璋驾崩，朱允炆继位，是为建文帝。次年，燕王朱棣以“清君侧”为名，发动“靖难之役”。此时，明朝的开国名将已被诛杀殆尽，建文帝只能启用李景隆等纨绔子弟为将，结果屡战屡败。最终，朱棣攻入南京，夺取皇位，建文帝下落不明。朱元璋费尽心机为孙子铺平的道路，终究还是被自己的儿子所颠覆，这或许是他万万没有想到的。