玉帝还没开口，左班中走出一位真仙，俯伏在金阶上奏道：“臣启奏陛下。”玉帝一看，是费长房。费长房奏道：“小石猴虽然一时分不清是非，犯下大罪，但如今花牡丹的父母已经还阳，况且南斗星君已经许它与天同寿，陛下饶它一死，从轻定罪处罚，这也是上天有好生之德，希望陛下明察。”玉帝听了，心想：这猴子虽然如此无法无天，但也情有可原，也是受人所托，只是不懂是非罢了。于是降旨，把小石猴大拇指内的主筋挑去，罚它子子孙孙世代大拇指无力，不能拿东西，再罚它减去五百年的修行根基。小石猴还想求恩，玉帝吩咐“行刑”。旨意一下，侍卫们不由分说，把小石猴拖下殿庭，带到行刑台，把小石猴的四肢绑好，然后用金刀割断挑去它两只前爪大拇指内的主筋，再用金刀和仙丹修补好皮肤，松开绑，小石猴回到殿前谢恩。小石猴磕头道：“谢陛下不杀之恩。”玉帝道：“不是朕不杀你，是念你修炼不易，朕有好生之德，所以罚你们猴类永远大拇指无力。”小石猴磕头退下。所以直到现在，猿猴之类的动物，大拇指都是没有力气的，就是这个原因。闲话不多说。
玉帝又吩咐侍卫、銮衣卫等去外面把从逆的通臂猴押上殿来。通臂仙战战兢兢地走到殿前的没面石前跪下。玉帝没多问，也让侍卫把他推到行刑台，挑去指内的筋，还取走了肩上的活骨。侍卫领旨，照旨行刑完毕，回来复命。玉帝训诫了一番，就把通臂仙赶出殿庭。小石猴在南天门等着通臂仙，两人出来相见，面面相觑，悔恨不已。
两只猴子立即驾云，仓皇地回到花果山。小石猴心里又恨又喜，恨的是杨思文连累自己被挑去指筋，喜的是多亏费长房保奏，才保住了性命。没多久，就到了花果山。落下云头，只听见洞里的众小猴子哭得惊天动地。小石猴和通臂仙听了，心中十分疑惑，走到洞前一问，原来是众小猴子大拇指内的主筋也都断裂了，疼痛难忍，所以才这样。小石猴惊得目瞪口呆，心想，上天的惩罚真是厉害，就把上天受罚的事告诉了众猴，众小猴子这才恍然大悟。从此小石猴的修行根基减少了五百年，要再修炼到现在的程度，又要历经无数劫难，它心里对杨思文恨得咬牙切齿。暂且不提。
玉帝对东岳大帝说：“如今小石猴一案已经了结，你赶快回原任，公正办事。将来你属下的鬼判、差役等人，都要严格约束，赏罚公平，不可昏庸糊涂。这次念你是初次犯错，以后再有类似事情，立即革去你的前程，绝不宽恕。”东岳大帝磕头谢恩，连声答应，然后辞别玉帝，回到自己的衙门。玉帝又派律令到终南山，告知南北二斗星君，以后不可胡乱应允给人寿命，要多加留神，不能再这样了。律令领旨退出，到终南山宣读旨意完毕，回来复命。玉帝见诸事已毕，就退殿回宫。众天将等也退出，各自回到自己的驻地，暂且不提。
再说小石猴经历这次劫难之后，虽然脾气稍有改变，但本性难移，心里对杨思文怀恨在心，这种愤恨常常表现在脸上。通臂仙看到后，心里十分奇怪，就问道：“你为什么心里这么不高兴，难道是因为修行根基变浅，心里不痛快吗？”小石猴说：“不是。我们无知，胡作非为，抗拒天兵，罪有应得，我并不懊恼。我想这件事的根源，都是杨思文一人引起的，如今事情败露，他却逍遥法外，像没事人一样，你说可恨不可恨。所以我想去他家找他，和他理论一番。”通臂仙一听，说道：“是啊，我们全山都是因为他一个人想要花牡丹，才犯下罪行，弄得全山不得安宁，他就是罪魁祸首。现在不去找他，还等什么时候呢？”小石猴一听，非常高兴，站起来对通臂仙说：“我们俩一起去怎么样？”通臂仙说：“我不去，我得要紧守洞门呢！”小石猴见他不去，就兴致勃勃地出了洞门，驾着妖云，朝杨府飞去。
再说杨思文自从和毛真人到清风洞，古明月施展法术，变出金桥，到月宫观看舞蹈之后，就在清风洞住下了。白天他们一起坐而论道，夜晚每人一个蒲团，默默修炼玄功，有时游山玩水，有时画符习咒。如今杨思文已经能够御风而行，遁法也修炼得很完美。不知不觉，已经过了三个月。杨思文尘缘未断，渐渐对修行感到厌烦，于是天天长吁短叹，思念起家乡。毛真人见他这样，就对古明月说：“天意如此，不可勉强挽回。他既然尘欲未断，不如送他回