秦穆公让太史挑选良辰吉日，为二人举行婚礼。太史奏报，今晚中秋佳节，是大吉之日，天上月圆，人间也将团圆。秦穆公便让侍从准备热水，让萧史沐浴洁身，赐给他崭新的衣冠，然后将他送到凤楼，与弄玉成亲。婚后，夫妻二人感情和睦，自不必多说。
第二天早上，秦穆公任命萧史为中大夫。萧史虽然位列朝堂，但不参与国家政事，每天都住在凤楼中，不吃人间烟火，偶尔喝上几杯酒。弄玉跟着萧史学习吐纳导气之法，渐渐地也能辟谷绝食。萧史教弄玉吹奏箫曲《来凤》。大约过了半年，一天夜里，夫妻二人在月下吹箫，忽然有一只紫凤落在凤台左边，一条赤龙盘在凤台右边。萧史说：“我本是上界仙人，上帝因为人间史籍散乱，命我下凡整理。于是在周宣王十七年五月五日，我降生在周朝的萧氏家中，成为萧三郎。到了周宣王末年，史官失职，我便将历史本末连贯起来，补充典籍的遗漏。周朝人因为我对史学有功，就称我为萧史，至今已经一百一十多年了。上帝命我担任华山之主，与你有前世的缘分，所以通过箫声让我们结合。但我们不应久留人间，如今龙凤来迎接我们，可以离开了。” 弄玉想向父亲辞行，萧史不同意，说：“既然成为神仙，就应该超脱无忧，怎能对眷属产生眷恋之情呢？” 于是，萧史骑着赤龙，弄玉骑着紫凤，从凤台向着云端飞去。（如今人们称佳婿为 “乘龙快婿”，就是源于这个典故。）当晚，有人在太华山听到了凤鸣之声。
第二天早上，宫中侍从将此事禀报给秦穆公。秦穆公怅然若失，许久才感叹道：“神仙之事，看来真的存在啊！倘若此时有龙凤来迎接我，我舍弃山河，就如同丢弃破鞋一般！” 他派人前往太华山寻找萧史和弄玉的踪迹，却一无所获。于是，秦穆公在明星岩修建祠堂，每年按时用酒果祭祀。这座祠堂至今仍被称为萧女祠，祠中时常能听到凤鸣之声。六朝时期的鲍照写过一首《萧史曲》：“萧史爱少年，嬴女童颜。火粒愿排弃，霞雾好登攀。龙飞逸天路，凤起出秦关。身去长不返，箫声时往还。” 江总也有诗写道：“弄玉秦家女，萧史仙处童。来时兔月满，去后凤楼空。密笑开还敛，浮声咽更通。相期红粉色，飞向紫烟中。”
秦穆公从此厌倦谈论战争，渐渐有了超脱尘世的想法。他将国家政事全部交给孟明视处理，每日修身养性，追求清净无为。不久，公孙枝也去世了。孟明视推荐子车氏的三个儿子奄息、仲行、针虎，说他们都有贤德，国内人称他们为 “三良”。秦穆公将三人都任命为大夫，对他们恩宠有加。
又过了三年，也就是周襄王三十一年春天二月十五，秦穆公坐在凤台赏月，思念起女儿弄玉，不知道她身在何处，何时才能相见，想着想着便睡着了。在梦中，他看见萧史和弄玉骑着一只凤凰前来迎接他，一同游览广寒之宫，那里寒冷刺骨。秦穆公醒来后，就患上了寒疾，没过几天便去世了，人们都认为他是成仙而去。秦穆公在位三十九年，享年六十九岁。他最初娶晋献公的女儿为妻，生下太子罃，此时太子罃即位，就是秦康公。秦康公将秦穆公安葬在雍地，依照西戎的习俗，用活人殉葬，一共用了一百七十七人，子车氏的三个儿子也在其中。国人都为他们感到悲哀，为此创作了《黄鸟》一诗，这首诗收录在《毛诗?国风》中。后人评论秦穆公让 “三良” 殉葬一事，认为他死后抛弃贤才，没有为国家的长远发展做好打算。只有宋苏东坡学士题写的《秦穆公墓》一诗，见解与众不同。诗中写道：“橐泉在城东，墓在城中无百步，乃知昔未有此城，秦人以此识公墓。昔公生不诛孟明，岂有死之日，而忍用其良？乃知三子殉公意，亦如齐之二子从田横。古人感一饭，尚能杀其身。今人不复见此等，乃以所见疑古人。古人不可望，今人益可伤！”