杰克奥特曼变回乡秀树，他看着天空，心中充满感慨。曾经，他独自在地球上战斗，如今，他有了并肩作战的兄弟，还有如同父亲般守护着他们的奥特之父。他知道，只要奥特兄弟团结一心，无论未来有多少艰难险阻，他们都能守护好宇宙的和平。而他，也将继续以乡秀树的身份，在地球上默默守护，传承这份守护的意志 。
在神户市的和平表象之下，一场新的危机正悄然酝酿。艾斯奥特曼的人间体北斗星司和南夕子，此刻已不再是当初并肩作战的搭档。南夕子回归月球，北斗星司则留在地球，成为了一名职业赛车机械师，凭借精湛的技艺在赛车维修界小有名气。但他始终保持着警惕，那深埋在血脉中的奥特之力，随时准备为守护地球而苏醒。
与此同时，在宇宙的黑暗角落，一个名为“暗域教团”的神秘组织正在崛起。他们崇拜古老的黑暗力量，企图通过召唤沉睡在次元夹缝中的“暗蚀超兽阿蒙拉”来毁灭文明、重塑宇宙。教团首领暗影祭司莫拉克斯身形飘忽，周身缠绕着诡异的紫色雾气，他手中握着散发着幽光的古老石板，上面刻满了禁忌的召唤符文。
“时机已到，阿蒙拉即将苏醒，那些自诩正义的奥特曼，将在黑暗中彻底陨落！”莫拉克斯的声音如同毒蛇吐信，在阴暗的祭坛中回荡。随着他的咒语念诵，宇宙空间开始扭曲，一道道黑色裂缝在星空中蔓延，暗蚀超兽阿蒙拉的轮廓逐渐显现。它身躯庞大如山，皮肤布满尖刺，口中能喷射出腐蚀一切的暗物质洪流，双翼展开时能引发空间风暴。
地球的天文观测站率先发现了异常，各地的地震局也监测到前所未有的空间震动。正在赛车场检修车辆的北斗星司突然捂住胸口，一股熟悉的危机感涌上心头。他抬头望向天空，瞳孔中映出那片逐渐扩大的黑暗裂缝，低声呢喃道：“来了……”
光之国的警报声再次响彻云霄。奥特之父凝重地注视着宇宙监控画面，对佐菲下达命令：“佐菲，带领赛文、杰克、泰罗前往地球。这次的能量波动极为特殊，你们务必小心。我随后亲自支援。”
佐菲点头领命，与其他奥特兄弟化作流光飞向地球。而此时，暗蚀超兽阿蒙拉已经突破次元裂缝，降临地球大气层。它的第一波暗物质洪流喷射而出，瞬间将一座无人岛屿化为虚无。
北斗星司毫不犹豫地冲向无人地带，在确认周围没有民众后，高举奥特戒指大喊：“艾斯！”一道璀璨的光芒闪过，艾斯奥特曼40米的高大身躯矗立在大地上。他身高40米，体重吨，飞行速度高达20马赫，如同一道银色闪电；行走速度580Km/h，步伐矫健；水中速度220节，地中速度4马赫，行动自如；跳跃力900米，腕力14万吨，握力5.5万吨，强大的身体素质让他在战斗中占据先机。作为奥特兄弟中的王牌，他掌握着数量惊人的光线与切割技能，梅塔利姆光线、奥特断头刀、宇宙五重光等必杀技更是威力绝伦。
艾斯奥特曼率先发动攻击，他施展宇宙五重光，五道不同颜色的光线射向阿蒙拉。然而，暗蚀超兽挥动双翼，引发的空间风暴将光线尽数吞噬。紧接着，阿蒙拉喷出暗物质洪流，艾斯奥特曼急忙施展奥特屏障抵挡。强大的冲击力让艾斯连连后退，屏障表面泛起阵阵涟漪。
就在艾斯陷入苦战之际，佐菲、赛文、杰克、泰罗赶到战场。佐菲使用M87光线，赛文发射集束射线，杰克挥动奥特手镯变化的武器，泰罗释放斯特利姆光线，四人的攻击同时轰向阿蒙拉。但超兽的防御超乎想象，攻击仅仅在它身上留下浅浅的伤痕。
阿蒙拉发出震天怒吼，双翼掀起的空间风暴开始撕裂周围的环境。城市的高楼在风暴中摇摇欲坠，大地出现一道道裂缝。艾斯奥特曼深知不能再让超兽肆意破坏，他大声喊道：“兄弟们，集中攻击它的双翼！只要限制它的行动，我们就有机会！”
奥特兄弟迅速调整战术，艾斯奥特曼率先使用奥特断头刀，银色的光刃划破长空，直取阿蒙拉的右翼。赛文奥特曼也抛出锋利的头镖，与奥特断头刀形成夹击之势。阿蒙拉察觉到危险，急忙挥动左翼进行抵挡，却因此露出了胸前的弱点。
佐菲抓住时机，大喊：“就是现在！”他与杰克、泰罗同时发动光线攻击，三道光线汇聚成一股洪流，击中阿蒙拉的胸口。超兽痛苦地咆哮着，身上的暗物质能量开始紊乱。
然而，就在奥特兄弟以为要取得胜利时，暗域教团的莫拉克斯突然出现在战场上空。他高举古老石板，口中念念有词：“以暗域之名，赋予阿蒙拉终焉之力！”石板散发出耀眼的黑光，注入阿蒙拉体内。超兽的伤势瞬间愈合，力量更胜从前，它张开血盆大口，一道足以吞噬天空的巨型暗物质光束喷射而出。
奥特兄弟全力抵挡，但光束的冲击力太过强大。艾斯奥特曼挺身而出，他将全身能量汇聚于双手，大喝：“究极断头刀！”升级版的光刃闪耀着