成龙骑着甲虫冲向机器，他的牙签武器根本伤不了螳螂，但他发现机器的齿轮之间卡着片干枯的月光草——这正是他们要找的解药材料。他突然想起老爹说过的“缩小咒的弱点”：能量越集中，越怕高频震动。
“小玉！用你的平板放最高频的噪音！”成龙大喊着跳上机器，用牙签拼命撬动齿轮，“风之符咒最怕声波干扰！”
刺耳的噪音响起的瞬间，机器的齿轮开始松动，蓝光变得忽明忽暗。螳螂的动作也慢了下来，它的复眼在高频声波中失去焦点。虫王愤怒地扑向机器，却被突然弹出的齿轮打中，权杖上的风之符咒掉在地上，滚到成龙脚边。
拿到月光草和符咒碎片，他们马不停蹄地赶往东京。可刚到博物馆附近，一只橘猫突然从墙头跳下来，碧绿的眼睛盯着小玉手里的玻璃罩——对猫来说，这个会动的小玩意儿简直是完美的玩具。
“糟了！是流浪猫！”小玉抱着玻璃罩狂奔，橘猫在后面紧追不舍，爪子拍打着地面，发出“咚咚”的巨响，对微型状态的成龙来说，这声音堪比地震。
混乱中，玻璃罩掉在地上摔碎了。成龙刚滚出来，就看到橘猫的爪子带着风声拍过来，他赶紧钻进一个排水孔，却发现孔里早有“住户”——几个微型小偷正围着那座被盗的“微型城”模型，用放大镜研究城墙的机关。
“找到了！德川家康的‘缩地术’秘籍藏在天守阁的地下室！”一个小偷举着微型手电筒，照亮模型里的卷轴，“只要学会这个，不用符咒也能缩小！”
他们的谈话被排水孔外的猫叫声打断，橘猫的爪子伸进孔里乱挠，泥土和碎石纷纷落下，微型城模型的城墙被砸塌了一角，露出里面的卷轴——卷轴上的文字不是日文，而是和老爹古籍上相同的甲骨文，写着“缩身易，缩心难，心若不贪，何需变小”。
“是鲁班的亲笔！”成龙突然明白，“缩小咒的真正用途不是偷东西，是让使用者‘换位思考’——变成蚂蚁才知道被踩的痛，变成老鼠才知道被追的苦，可惜圣主的人只看到了‘方便偷窃’的用途。”
橘猫的爪子突然停住了，一只戴着微型铠甲的老鼠跑过来，对着猫的耳朵叽叽叫了几声——是之前被改造的“微型哨兵”，但它的项圈已经裂开，眼睛里的红光也消失了。
“它在帮我们！”小玉惊喜地发现，老鼠的背上驮着个微型药瓶，里面装着老爹远程传送的“临时放大剂”——能让成龙恢复到半米高，维持十分钟。
喝下放大剂的成龙虽然还是矮个子，但总算能挥舞正常大小的伸缩棍了。他跳上橘猫的背，指挥着被解救的微型土着：“你们熟悉缩小后的战斗方式，去毁掉放大器的齿轮！”
微型人们骑着甲虫冲向机器，用牙签长矛撬动齿轮，用蚂蚁的蚁酸腐蚀线路——这些平时被忽视的“小东西”，此刻成了最勇猛的战士。虫王的残余势力想启动备用放大器，却被突然窜出来的老鼠军团拦住，这些老鼠都是被他们改造过的，此刻纷纷倒戈，用牙齿咬断了线路。
“为什么要帮他们？”虫王对着老鼠尖叫，他的权杖已经失去能量，下半身的甲虫腹部开始蜕皮，露出里面正常的人类双腿——看来反抗控制的意念能抵消符咒的副作用。
领头的老鼠（就是那只戴项圈的）用爪子指了指自己的项圈，又指了指虫王的王冠，像是在说“我们都不想当奴隶”。
东京博物馆的警报响起时，微型城模型已经被安全送回展柜。小玉用老爹的咒语解除了缩小状态，成龙在恢复正常身高的瞬间，差点踩扁脚边的微型土着——他赶紧跳开，这才真切体会到“换位思考”的含义。
虫王看着自己渐渐恢复的双腿，突然把王冠扔在地上：“原来变大变小都一样，心里的贪念不消失，再小也会被欲望撑爆。”
回到十三区，老爹总算炼制出了完美的缩小咒——这次的咒语有了限制：只能缩小非生物，而且缩小后的物品会保留“原物的重量感”，比如缩小的冰箱虽然只有拳头大，搬起来还是重得要命。
“这样就没人想用它偷东西了，”老爹把一瓶缩小的可乐递给成龙，瓶子小得能放进掌心，“想喝？得先掂量掂量值不值得费力气。”
布莱克警长的全息投影带来了新消息：微型土着们成立了“大小平等协会”，他们用缩小咒制作了微型家园模型，放在联合国总部展示——模型里，巨人与小人和谐共处，巨人帮小人摘果子，小人帮巨人清理耳朵里的灰尘。
“他们说这叫‘互补世界’，”布莱克笑着展示照片，“圣主的残余势力看到模型后，有一半人主动投降了，说‘不想再当欺负小个子的坏蛋了’。”
小玉的平板收到最新任务：撒哈拉沙漠出现异常的缩小能量，卫星拍到沙漠里有巨大的脚印，脚印里却有微型绿洲——像是有人用缩小咒在沙子里建造了“小人国”，正被沙漠蜥蜴围攻。
“看来缩小咒的故事还没结束，”成龙把微型可乐揣进兜里，他的手指还残留着“变小”时