神宗还下命悬赏缉拿■拜等人。到了六月，宁夏城外已经有魏学曾、梅国桢、叶梦熊、李如松等数支大军，由魏学曾统一调度。但是，魏学曾束手无策，力主招安。这让神宗大怒，以为堂堂天朝竟然奈何不了些么小丑，成何体统？七月，神宗在接到监军御史梅国桢的军情报告后，果断地以叶梦熊取代了魏学曾，并将魏学曾逮回京城，并直接部署"决（黄河）水灌城之谋，毋得异同误事。"既然最高当局已经下令灌城，前方的将领自然再无异议。于是，当初在反对俺答封贡中似乎没有多少远见的叶梦熊，这时显得非常有胆略。他在七月十七日之前，围着宁夏城筑了一道长约1700丈的长堤，将宁夏城围成一个水泄不通的池塘，然后掘开黄河大堤，向宁夏万历十八年绘《河防一览图》城灌水。八月，城中粮食短缺。同时，李如松击败了从河套来援的蒙古骑兵。
九月，明军攻破宁夏城南城。但是，叛军退据的大城依然易守难攻，明军的攻势受挫。这时，一个名叫李登的卖油郎，挑着担子在街上边走边唱"痈之不决，而狃于痏（ěi）；危巢不覆，而令枭止。"监军梅国桢将他请入营中，让他带着三封书信去见■承恩。李登跛一足，瞎一眼，在路上根本就不被人注意。他将一封信交给■承恩，劝■承恩说■氏有功于朝廷，监军深为可惜，可杀刘东■以自效；接着，李登又去见了刘东■、许朝，劝他们说首乱是■氏，将军为汉人，何苦代人受过？这个离间计果然成功。九月十六日，刘东■杀土文秀，接着，■承恩杀刘东■、许朝，投降明军。九月十八日，明军进城，剿灭了■拜的苍头军，■拜自杀。■承恩等人被押解京城。至此，宁夏平定。
援朝之战，也是始于万历二十年（1592）。这一年，日本关白丰臣秀吉派小西行长等人领兵20万从釜山登陆。沉湎享乐的朝鲜国王根本就无法抵御，只会频频遣使向明朝求救。消息传来，神宗立即做了三项准备一，令兵部向朝鲜派遣援兵；二，命辽东、山东沿海整顿军备，小心戒备；三，如果朝鲜国王进入明朝境内，择地居之。但是，当时的兵部尚书石星，确是无能之辈，只派一个游击史儒率少量兵马入援朝鲜。对于20万日军来说，这无异于羊入虎口，史儒战死；随后赶到的副总兵祖承训也只有3000兵马，结果也是仅仅只身逃脱。这两仗的大败，激怒了神宗。于是，神宗命宋应星为经略，从西北前线调回李如松，一齐东征。宋应星贪生怕死，说自己带兵要讲究什么"一字兵法"用兵一万，要造车360辆，火炮72000门，弓弩27000副，毡牌2000面，弩箭数百万枝，以及火药、火枪之类，要兵部先给他准备齐全，方肯出征。御史郭实于是弹劾宋应星担任经略一职不恰当。宋应星碧蹄馆遗址
便干脆顺水推舟，要求辞职。神宗申斥了宋应星一番，宋应星才不得不出征。幸好，担任前线指挥的有名将李成梁之子李如松，能征善战。明军前几仗打得都很成功，但在万历二十一年（1593）正月在碧蹄馆附近遭日军伏击，损失惨重。双方最后决定议和。日本方面撤兵南下，朝鲜汉城以南的大片国土恢复。日本方面，以与明朝通贡为和谈的条件。神宗一面敦促朝鲜国王练兵自守，一面与群臣商量是否与日本通贡。
万历二十二年（1594）十二月，明朝和日本方面互遣使节。明朝册封丰臣秀吉为日本国王。丰臣秀吉身着明朝的冠服，迎接明朝的使臣。事情似乎得到了解决。然而，两年之后即万历二十四年（1596）十二月，丰臣秀吉不遵守当初议和的条款，发动第二次朝鲜战争。明朝遂于次年正月以邢玠为总督，杨镐为经李如松手迹略，再次出援朝鲜。但是，明军这一次在岛山附近再遭惨败。万历二十六年（1598）正月，明军退守到平壤南部的王京，与日军进入相持阶段。但是，七月九日丰臣秀吉死去的消息，让日军士气低落，阵脚大乱。明军遂发动攻击，日军无心恋战，纷纷登船渡海东归。中朝联军与撤退日军在东南露梁海面发