朱棣下南京后，自即皇帝位，下令大索齐泰、黄子澄等建文朝臣五十余人，榜其名曰奸臣，大行屠杀，并实行族诛之法，族人无少长皆斩，妻女发教坊司，姻党悉戍边。朱棣还令尽复建文中所改的一切成法和官制，以表明其起兵目的在于恢复祖训。
此役是明初围绕皇权斗争日趋激化的必然结果。朱棣以强藩起兵夺取皇位后，北方不再有强藩存在。遂继续实施朱允炆的削藩政策，并改革中央行政机构，建立厂卫，继又迁都北京（见永乐迁都），使中央集权得到进一步加强。
【相关评价】
明成祖朱棣是中国历史上一个比较有作为的皇帝。《明史》说他“貌奇伟，美髯髯，智勇有大略”又说他“知人善任，表里洞达，雄武之略，同符高祖。”似非溢美之词，他确有过人之处。
明成祖是明太祖朱元璋的第四子，初封燕王，镇守北平(今北京)。朱元璋死后，传位给他的孙子允坟，年号建文。“时诸王以尊属雍重兵，多不法。”且欲图害燕王建文元年(1399年)，明成祖起兵自称“靖难”，四年，破京师(今江苏南京)，夺取帝位，改年号为永乐。是年以北平为北京。永乐十九年(1421年)迁都北京，以南京为留都。明成祖在位22年(1402一1424)励精图治，采取了许多开明而有力的措施，致使国家臻于强盛。略举以下几件事例:
关心人民疾苦。明成祖对各地方官吏要求极为严格，要求凡地方官吏必须深入了解民情，随时向朝廷反映民间疾苦。如永乐十年(1412年)，他命令入朝觑见的地方官吏五百余人各自陈述当地的民情民，还规定“不言者罪之，言有不当者勿问’。对那些饱食终日，无所用心的地方官，对地方民情说不出道道，或知而不言者，要问罪;说得不实在或说错的可以不迫
究。之后，他更严厉地“谕户部，凡郡县有司及朝使目击民艰不言者，悉逮治。”即地方官或中央派出视察民情的大员，如果目暗民间疾苦而不实报的，要逮捕法办。对民间发生了灾情，及时振济，做到“水旱朝告夕振无有雍塞”。(《明史·成祖本纪}))如永乐三年(1405年)，江苏、浙江等地遭大水灾，人民流离失所。他立即下诏对灾区减免田租凡338万石，“致使流
民复业者十二万余户。”永乐六年(1408年)，京师发生地震他下令“罢北京诸司不急务及买办，以苏民困。”即命令北京的中央机关，励行节约，对不是当务之急的用费或到外地采购货物等事立即停止，以减轻人民的沉重负担。永乐十四年(1416年)，北京、河南、山东等地发生饥荒，他浪p诏令减免一年租税，还发放粮食13?万石及时振济。(《明史·成祖本纪》)
破格用人。明成祖重视人才，不论其出身如何，凡真正有才能者。破格摧用。如他曾摧用布衣(没有功名的平民)马麟等13人为布政使(一省的最高行政长官)、参政、参议(官名，明代布政使下设左右参政、参议，以分领各道)等重要官吏。永乐二年(1404年)，吏部上了一道奏章，参奏某些地方官吏违反“祖训”制度推荐人士的行为应予治罪。明成祖不批准，并谕示:“果有才，授之官，否则罢之可耳。”(《明史·成祖本纪》)也是他不拘一格使用人才的事例。
不搞封禅，不信仙术灵丹。所谓“封禅”，即古代帝王祭夭地的典礼。在泰山上筑土为坛祭天，报天之功，称封;在泰山下梁父山辟场祭地，报地之功，曰禅。历代封建王朝都把封禅作为国家大典。以示夭下太平，并藉以歌颂帝王的功业。举行这种大典，要花费很大的财力、物力、人力。永乐十四年(1416年)，礼部尚书吕震上书奏请举行封禅大典，明成祖断然拒绝。对此，他举出两条理由，一条是;“今天下虽无事，四方多水旱疾疫，安敢自谓太平?”一条是:“且《六经》无封禅之文，事不师古，甚无谓也”(《明史·成祖本纪》)因此他不搞长途跋涉，劳民伤财的封禅活动。相传古时封泰山，禅梁父者七十二家。司马迁的《史记·封禅书》中也