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这个发现让情况瞬间变得严重。神海岛发生了谋杀案，消息很快传到了东京。目暮警官带着白鸟、佐藤、高木紧急赶到了岛上。
“又是你们啊，柯南。”目暮警官看着柯南，无奈地叹了口气，“还有毛利老弟，你到哪哪出事啊。”
“哈哈，这说明我毛利小五郎自带名侦探气场！”小五郎还在得意。
警方调查后，通过指纹比对发现，松本光次竟然是国际通缉的着名寻宝人，身上背着不少案子。“这家伙果然有问题！”佐藤皱紧眉头，“看来，海底有宝藏的传言，可能不是空穴来风。”
高木突然想起了什么：“佐藤警官，松本他们是寻宝人，而我们之前抓的抢劫犯提到了‘海盗旗’……会不会和这个有关？”
佐藤点点头：“很有可能。这个神海岛，藏着不简单的秘密。”
少年侦探团的寻宝游戏还在继续。他们根据暗号，在岛上的各个角落寻找线索，从古老的石碑到海边的岩石，玩得不亦乐乎。“下一个暗号说‘双剑守护之地’，会不会是博物馆？”光彦推测。
果然，他们来到了岛上的博物馆。博物馆里最珍贵的展品，正是传说中女海贼Anne Boney和Mary Read使用过的一把弯刀和一把手枪。“这就是‘双剑’吗？”步美盯着展品，“好酷啊！”
柯南看着这两件文物，想到了那两位女海贼的传说。据说她们不仅勇猛，还很聪明，把宝藏藏在了没人能找到的地方。
就在这时，博物馆突然传来一阵骚动。“不好了！弯刀和手枪被盗了！”工作人员大喊。
柯南立刻冲过去，发现展柜的玻璃被打碎了，里面的文物不翼而飞。“什么时候发现的？”他问。
“刚才还在，我们去巡查了一圈回来就不见了！”工作人员急得满头大汗。
柯南观察着现场，发现打碎的玻璃边缘很整齐，不像是用蛮力砸的，更像是用特殊工具切割的。“是专业人士干的。”他心想。同时，他注意到窗外有子弹划过的痕迹，似乎有人在外面射击。
“有人在外面！”元太指着窗外。
众人跑出去，只看到远处两个黑影匆匆离开，其中一人似乎受伤了，被另一人扶着。“是那两个宝藏猎人！”光彦认出其中一个是伊豆山太郎，另一个应该是松本光次。
“他们偷了文物，还被人狙击了？”柯南皱起眉头，“是谁干的？”
警方很快赶到，佐藤和高木勘查现场后，确认狙击来自远处的山坡。“看来，想要这两件文物的人，不止松本他们。”白鸟警官分析道，“这两件东西，可能和真正的宝藏位置有关。”
目暮警官看着窗外：“越来越复杂了。松本是通缉犯，现在又卷入盗窃和狙击，还有之前的鲨鱼袭击案……这神海岛的水，太深了。”
第二天一早，一个更坏的消息传来——兰和园子被松本光次和伊豆山太郎劫持了！
“他们受伤了，需要人质来要挟警方，让他们离开海岛。”高木急急忙忙地汇报，“而且，天气预报说，台风很快就要登陆神海岛了！”
“什么？！”毛利小五郎一听女儿被劫持，急得团团转，“兰！可恶的混蛋！”
柯南也十分焦急，但他强迫自己冷静下来。“松本和伊豆山受伤了，肯定跑不远。他们劫持兰和园子，应该是想利用她们找到宝藏，然后趁乱逃走。”
此时，少年侦探团的寻宝游戏有了重大进展。他们解开了最后一个暗号，发现指向的位置竟然和真正的寻宝图线索吻合。“柯南，你看！这地图上的标记，和美马先生家里一本旧书上的图案很像！”光彦拿出笔记本。
柯南立刻去找美马和男。在证据面前，美马先生终于说出了真相：“我年轻时，也是个寻宝人，一直在找Anne Boney和Mary Read的宝藏。那张游戏地图，确实是我根据流传下来的真图修改的。”
他告诉柯南，宝藏应该在附近的赖亲岛周围海域，但入口非常小，只有小孩能进去。“松本他们肯定也知道了，所以才劫持兰小姐她们，可能是想让她们帮忙带路，或者作为筹码。”
就在这时，台风呼啸而至，岛上风雨大作，通讯也受到了影响。“必须尽快找到兰她们！”柯南下定决心。在美马先生的帮助下，他们趁着台风暂时减弱的间隙，乘坐小船前往赖亲岛。
赖亲岛附近的海域风浪很大，柯南和美马先生好不容易才找到一个可以潜水的地方。“入口就在海底宫殿的东北侧，小心点。”美马先生叮嘱道。
柯南潜入水中，果然在海底宫殿的一处石壁上发现了一个狭窄的洞口。他钻进去，里面竟然是一条通道，通向宫殿内部。
与此同时，在海底宫殿的另一处，兰和园子正被松本和伊豆山劫持着。伊豆山的胳膊被划伤了，血流不止。“可恶，台风来了，船根本开不了！”伊豆山暴躁地说，“必须找到宝藏