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松本光次则盯着宫殿内的一幅壁画：“Anne Boney和Mary Read的宝藏，就在这里……”
突然，园子的胳膊被伊豆山狠狠划了一刀。“你干什么！”兰愤怒地喊道。
“鲨鱼对血腥味很敏感。”松本冷笑着，“外面有警察盯着，把鲨鱼引过来，他们就不敢靠近了。”原来，他是想让园子的血引开可能追来的人。
园子疼得眼泪都出来了，很快，周围的海水开始涌动，几条鲨鱼被血腥味吸引过来，围住了她们所在的区域。“园子！”兰毫不犹豫地挡在园子身前，用自己的身体驱赶鲨鱼，拉着园子向宫殿深处跑去，终于甩开了鲨鱼，进入了宫殿的核心区域。
松本和伊豆山也跟了进来，他们在里面找到了一艘被海水半淹没的古老海盗船——正是传说中女海贼的船！
“宝藏呢？宝藏在哪里？”伊豆山疯狂地在船上翻找，但船上除了一些破旧的物品，根本没有金银财宝。
“不可能！传说怎么会是假的？”松本不甘心地嘶吼。
“因为所谓的‘宝藏’，根本不是金银。”一个声音传来，柯南从暗处走了出来，岩永竟然也跟在他身后。
“你是谁？！”松本警惕地看着柯南。
“我是江户川柯南，一个侦探。”柯南推了推眼镜，“Anne Boney和Mary Read是女海贼，她们的宝藏，其实是她们的航海日志和对当时女性独立的记录，藏在船的密室里。至于那些金银，早就被她们用来资助和她们一样被压迫的女性了。”
岩永叹了口气：“我其实是那两位女海贼的后代，一直在守护这个秘密，不想让她们的故事被宝藏猎人玷污。博物馆的文物被盗、狙击你们的人，都是我做的。我只是想阻止你们。”
松本和伊豆山得知宝藏是假的，又被揭穿，恼羞成怒，竟然想对柯南和兰她们下杀手。
就在这千钧一发之际，海底宫殿突然剧烈摇晃起来——地震发生了！宫殿的墙壁开始崩塌，海水疯狂涌入。
“快走！宫殿要塌了！”柯南大喊。
“来不及了！出口被堵住了！”兰焦急地说。
柯南环顾四周，发现宫殿顶部有一处比较薄弱，而旁边的石壁上渗出一些气体。“是甲烷！”他立刻想到了办法，“美马先生，你带的打火机呢？”
美马先生（他也跟了进来，担心众人安全）立刻掏出打火机。柯南接过，计算好位置，将打火机扔向甲烷聚集的地方。
“轰隆！”一声巨响，爆炸产生的冲击力打破了宫殿的顶部，海水带着众人和那艘海盗船向上涌去。
“抓紧了！”柯南大喊着，拉住兰的手。
海盗船随着水流冲出了海底宫殿，浮出了海面。此时，台风刚好过去，海面上阳光明媚。毛利小五郎、目暮警官一行人正在海边焦急地等待，看到浮出水面的船和上面的人，都惊呆了。
“兰！”小五郎激动地大喊。
然而，那艘海盗船因为年代太久，加上爆炸和浮出水面的冲击，很快就解体了。兰、园子、柯南、松本、伊豆山、岩永六人都落入水中。
“快救人！”目暮警官立刻下令，警方的船只迅速上前，将六人救了上来。
松本光次和伊豆山太郎被逮捕，等待他们的将是法律的制裁。岩永因为之前的行为，也受到了相应的处罚，但他守护祖先故事的初衷，让人唏嘘。
兰和园子虽然受了点伤，但没什么大碍。“柯南，谢谢你。”兰温柔地说。
柯南笑了笑：“是大家一起努力的结果啦。”
少年侦探团的寻宝游戏虽然被打断，但他们觉得这次经历比找到任何奖品都刺激。“原来真正的宝藏，是故事和勇气啊！”步美感慨道。
毛利小五郎看着被救回来的女儿，又看了看解体的海盗船，突然大喊：“我的30万日元！就这么泡汤了！还不如去巴黎呢！”
“爸爸！”兰无奈地看着他。
夕阳下，神海岛恢复了平静。海底的传说依旧流传，但人们记住的，不再只是金银财宝，还有那两位女海贼的智慧与勇气，以及这场惊心动魄的案件。而“海盗旗”的线索，最终也随着案件的告破，指向了那艘象征着自由与反抗的古老海贼船。
柯南望着大海，心想：每一个传说背后，都有不为人知的真相，而寻找真相的过程，或许才是最有价值的“宝藏”。
连续几周，东京都内被一股不安的气氛笼罩。三名着名的音乐家相继遇害，他们有一个共同的身份——均毕业于由原着名钢琴家堂本一挥创办的“堂本音乐学院”。案件手法缜密，现场没有留下太多线索，只在每位受害者身边，都发现了一张被揉皱的乐谱残页，上面是同一支未完成的曲子片段。
警方全力调查，却迟迟没有突破。就在这时，毛利小五郎收到了一封烫金的邀请函——来自堂本一挥本人，邀请