杨博起深知，单纯的杀戮与威慑，只能换取一时安宁，唯有恩威并施，抚剿结合，从根本上改变辽东的权力结构与生存方式，方能长治久安。
他坐镇辽阳，以钦差总督辽东军务的身份，连下数道命令，迅速展开善后与重建。
首要便是处置首恶与叛逆。
李如柏及其核心党羽，罪证确凿，杨博起亲自监审，核准其勾结外寇、私通叛逆、贪墨军饷、谋害钦差等十数项大罪，上报朝廷的同时，于辽阳城闹市口，将李如柏及其三名主要同谋明正典刑，悬首示众。其家产抄没，亲族流放。
此举彻底清除了辽东军政内部最大的毒瘤，也震慑了所有心怀异志者。
对于被擒的完颜烈山，杨博起并未立即处死。此人虽罪大恶极，但身份特殊，在建州女真中仍有相当影响力。
杨博起将其严密囚禁，好吃好喝供着，却对外封锁其具体伤情。
同时，他派遣能言善辩之士，携完颜烈山随身信物，前往那些仍在犹豫的完颜部死忠部落劝降，言明“首恶已擒，胁从不问，朝廷宽仁，只诛元凶”。
许多部落见大势已去，首领被囚，纷纷请降。
其次，便是大加封赏，分化拉拢，重构秩序。
对于在关键时刻反正立功的阿敏，杨博起兑现承诺。他上表朝廷，详陈阿敏“弃暗投明，阵前倒戈，助擒元凶”之功，力主宽宥其前罪，并请授官职。
朝廷很快下旨：赦阿敏及其部众前罪，授阿敏为建州卫指挥使，统辖归顺的建州右卫诸部，赐予敕书、印信和官服，并允许其在一定范围内自主管理部众，但需听从辽东都司及即将设立的“辽东将军府”调遣。
不仅如此，朝廷还赏赐绸缎、茶叶、铁器、农具等物。阿敏感激涕零，率部众歃血为盟，誓死效忠朝廷。
对于在此战中出兵截击的叶赫那拉部，杨博起亦不吝封赏。奏请朝廷，晋叶赫那拉·苏泰为龙虎将军，实授其管理海西女真部分事务之权，并正式给予其部“五市”中最优厚的互市条件，承诺优先交易粮食、布匹和盐茶等生活必需品，并可限量购买部分非管制铁器药材。
但杨博起也附加了条件：为“便于互通有无、加强联防”，建议叶赫那拉部将部分人口、牧场，向辽阳、开原方向迁移，与周军屯堡交错而居。
苏泰心知这是朝廷“掺沙子”、加强控制的策略，但权衡利弊，得到实利且地位提升，远比固守原址、时刻面临未来可能的猜忌要好，遂欣然应允，并再次提出联姻之请，态度更为恳切。
杨博起依旧以皇帝年幼婉拒，但赏赐加倍，并暗示待皇帝年长，或可再议。
苏泰虽略失望，但也知此事急不得，有了实际利益，联盟已然稳固。
第三步，也是最为关键的一步——设立“辽东将军府”。
杨博起以“辽东地域辽阔，女真、蒙古诸部杂处，边情复杂，需统合军政，方足以镇抚”为由，上《请设辽东将军府疏》。
他在疏中详细阐述了将军府的职能：总辖辽东都司各卫所边军，兼理安抚女真诸卫，督办屯田、互市，推广教化，整饬边备。
将军位高权重，有临机专断、先斩后奏之权，但需定期向朝廷述职，且重大人事钱粮仍需兵部户部核备。
此议在朝中引起激烈争论。
反对者认为这是变相设立藩镇，易尾大不掉。支持者则认为辽东情况特殊，非设重臣不足以镇抚。
最终，在太后力主下，小皇帝朱文盛下旨，准设“辽东将军府”，驻地辽阳。
至于首任将军人选，朝中争议更大。
杨博起自知以宦官之身不可能久镇外藩，且东南、京师皆需他坐镇，故而主动上疏，以“才疏德薄，且需还朝侍奉陛下、太后”为由，坚辞不就，并推荐了数名人选。
最终，在杨博起暗中运作与太后支持下，一个折中方案出台：调任漠北都护府裴骁前往辽东，暂摄“辽东将军”事，但同时，朝廷派遣一名文官重臣担任“辽东巡抚”，与裴骁同理军政，互相制衡。
杨博起将其麾下大将厉寒锋留任辽东，加授“辽东将军府赞画军事兼掌侦缉事”，实际负责监控女真各部、稽查不法，并拥有一支直属于将军府的精锐侦缉力量。
沈问心、公孙班也被暂时留下，协助整顿辽东武备、营造。阿敏、叶赫那拉·苏泰等女真首领，皆受辽东将军府节制。
除此之外，杨博起还招募流民、安置降卒，在辽河平原及边墙附近大兴屯田，分发农具种子，减免赋税，鼓励耕种。引导部分归顺女真部落学习农耕，渐离游牧。
杨博起还让人严格管控“五市”，将交易品类、数量、价格制度化，严禁走私违禁物品。设立官牙，公平交易，抽取税赋用于地方建设与抚赏。
他在辽阳、开原等地设立“蒙学”，允许并鼓励女真、蒙古子弟入学，学习汉文、礼仪、律法。对归