三人顺着渊流继续下潜，终于到达深渊底部——这里布满了发光的晶石，却都泛着灰黑，中央有一块巨大的礁石，上面嵌着一颗拳头大的淡蓝晶体，正是魂脉晶！晶周围缠绕着几缕黑色的脉气，正是蚀魂脉气的源头，还有几只半尺长的“海蛆”，通体漆黑，正对着魂脉晶啃咬，它们的身体渗出蚀魂气，显然是被渊主控制的。
“小心海蛆！它们的唾液有剧毒！”云汐提醒，天脉杖的光对着海蛆射去，海蛆被击中，身体瞬间僵硬，沉入海底。林野刚要去取魂脉晶，深渊突然震动，一道更浓郁的黑雾从礁石下涌出，里面浮现出一双巨大的灰眼——是“魂脉渊主”！它没有实体，由纯粹的蚀魂脉气构成，对着三人喷射黑雾，黑雾中夹杂着无数细小的魂息碎片，显然是之前被吞噬的生物魂息。
“蓝鳍的贝壳！”阿澈将贝壳举过头顶，淡白光暴涨，与魂脉晶的光融合，形成一道光盾，挡住黑雾。林野趁机用脉气刀撬开礁石，将魂脉晶取出来，晶的淡蓝光瞬间驱散了周围的蚀魂气，深渊底部的发光晶石也恢复了正常的光亮。魂脉渊主发出一声愤怒的嘶吼，黑雾开始收缩，却没有消散，反而凝聚成一道黑色的影子，对着三人冲来。
“快撤！”林野抓住阿澈和云汐的手，借着渊流的浮力向上游。魂脉渊主在后面追赶，黑雾不断吞噬周围的海水，形成一道黑色的漩涡。阿澈将魂脉晶抱在怀里，蓝鳍的贝壳贴在晶上，淡蓝光与晶的光交织，形成一道光带，漩涡的吸力渐渐减弱。三人终于冲出黑渊，回到望潮号上，魂脉渊主的黑雾在海面停留片刻，才缓缓退回深渊。
回到望鱼村，苏棠立刻用魂脉晶制作净化剂，将晶磨成粉末，混入灵脉泉的泉水和天脉气，制成淡蓝的液体。阿澈和云汐将净化剂分给村民，青婶子喝了之后，很快就能站起来生火，老阿公也恢复了精神，孩子们的笑声重新回荡在码头。灵脉泉的泉眼被魂脉晶的粉末疏通，泉水恢复清澈，几尾新的灵脉鱼苗从泉底游出来，阿澈欣慰地笑了，蓝鳍的贝壳泛着柔和的光，像是在为她高兴。
可苏棠的检测仪屏幕上，黑渊方向的蚀魂脉气虽然减弱，却没有消失，反而在缓慢凝聚：“魂脉渊主还在，它只是暂时退去，只要它还在，蚀魂脉气就会不断产生。”林野看着魂脉晶，晶的淡蓝光也在慢慢减弱，“魂脉晶的力量有限，只能暂时净化，要彻底解决，必须消灭魂脉渊主。”
老阿公翻出玄脉号的古籍，找到关于魂脉渊主的记载：“‘魂脉渊主，生于魂脉之根，以魂息为食，需魂脉晶+三脉之心+灵脉鱼王魂息，方能彻底净化’。灵脉鱼王魂息，不就是蓝鳍吗？”阿澈抱着贝壳，贝壳的淡白光与魂脉晶的光产生共鸣，“蓝鳍的魂息在贝壳里，还能感应到魂脉渊主的位置。”
接下来的几天，主角团开始准备消灭魂脉渊主。苏棠将魂脉晶与三脉之心融合，制成“魂脉炮”，能发射融合了四脉气的光弹；阿澈训练新的灵脉鱼群，让它们能在蚀魂脉气中传递信号；云汐和小银加强望鱼村的防护，用天脉气和魂脉晶粉末布置防护阵；林野则和老阿公研究黑渊的地形，找到魂脉渊主的弱点——它的魂脉核心藏在深渊底部的“魂脉窟”里，只有摧毁核心，才能彻底消灭它。
出发前，青婶子给每个人装了一袋“魂脉粥”，里面加了魂脉晶粉末，能增强魂息抵抗力；孩子们将画着蓝鳍、小银和魂脉晶的护身符贴在船舷上，小海拉着林野的手：“林野哥哥，一定要打败坏人，保护望鱼村！”
望潮号再次驶向黑渊，这次有小银和灵脉鱼群同行。潜入黑渊底部，魂脉渊主的黑雾比之前更浓郁，深渊周围的海蛆数量也多了几倍。小银率先冲上去，淡银的天脉气对着海蛆喷射，海蛆纷纷被消灭。灵脉鱼群对着黑雾喷射蓝光，黑雾被驱散了一角，露出魂脉窟的入口——窟里泛着黑色的光，正是魂脉渊主的核心所在。
林野启动魂脉炮，淡蓝的光弹对着魂脉窟射去，窟里传来魂脉渊主的嘶吼，黑雾瞬间暴涨，对着众人冲来。阿澈将蓝鳍的贝壳贴在魂脉炮上，淡白光与光弹融合，形成一道更强大的光弹，再次射向魂脉窟。这次，光弹击中了魂脉渊主的核心，黑雾开始快速消散，魂脉渊主发出最后一声嘶吼，身体化作无数道魂息碎片，被魂脉晶的光净化，融入海水。
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深渊底部的魂脉窟恢复平静，蚀魂脉气彻底消失，发光晶石的光亮比之前更耀眼。林野、阿澈、云汐浮出海面，望鱼村的方向传来村民们的欢呼声，青婶子和老阿公正站在码头挥手。蓝鳍的贝壳泛着淡白光，阿澈知道，蓝鳍的魂息终于可以安心了，望鱼村和东海，又恢复了安宁。
可就在这时，苏棠的检测仪突然发出警报，屏幕上显示